東海所檔案室成立于2006年，隸屬于綜合辦公室，前身為東海所資料室。檔案室將本所各項工作中形成的各門類各種載體的檔案，集中統一管理，形成齊全、完整、便于利用的檔案系統，通過一系列管理措施和硬件設備，確保檔案存放保管的安全性及檔案使用的有效性。
檔案室采用辦公、閱覽、庫房三分開的布局，在庫房安裝移動密集柜，采用耐用，防蟲，防霉的無酸檔案盒，排放整齊有序。配備有空調機、溫濕度計、抽濕機、計算機、高速掃描、碎紙機檔案保管設備，并在庫房設置消防設備及防火、防光、防蟲、防潮、防塵設施。目前，檔案室正在逐步建立電子化的檔案利用管理系統，以期為全所的公共管理和科學研究工作提供更加優質有效的檔案查詢利用服務。
